לאחר כיבוש ירושלים על-ידי כוחות צצלאח א-דין הפכו המוסלמים (אשר מקבלים את ישו כאחד הנביאים הקודמים למוחמד) למסגד ונבנה המחרב (גומחת תפילה) בקיר הדרומי הפונה למכה.
עד היום כנסיית העלייה מצוייה באחזקה מוסלמית אך הנוצרים מקבלים אישור לערוך את טקסיהם שם.
מעניינת לא פחות ההשוואה בין מבנה ועיצוב כנסיית העלייה וכיפת הסלע שעל הר הבית הן בדומות הצורנית בין שני המבנים והן בהימצאות אבן המציינת את טביעת רגל הנביא (כאן ישו וכאן מוחמד) בעלייתם לשמים.
שווה לשים לב שבהר הבית ישנה כיפה קטנה (כ-20 מטר צפון-מערבית לכיפת הזהב) מצוייה כיפת עלייה נוספת, דומה בעיצובה ובעיטוריה לכנסיית העלייה שבהר הזיתים שנקראת קובת אל-מעראג'.